鯨頭鸛外形最突出的特征，是具有很大的頭和木靴子樣特別厚而大的嘴。不過它的嘴看著很重，其實很輕。雌雄羽毛同色，僅在形體大小上有差別，雌鳥略小。幼鳥多褐色，背部無綠色光澤。鳥喙顏色為黃綠色，虹膜白色至淡黃色，腳黑色。通常單獨或成對生活，全夜行性。白天隱藏在草叢或葦叢中，黃昏出來覓食，很少有人發(fā)現(xiàn)它們。 
然而人在浮島附近休息時卻可能看到鯨頭鸛在濕地上空翱翔，飛翔時姿態(tài)像鷺或鵜鶘那樣頭頸彎曲成“Z”形。不鳴叫，卻能發(fā)出像白鸛似的“嗒、嗒”聲。另外，滑翔中也能發(fā)出大的響聲。主要以肺魚、六須鲇魚等魚類為食，也捕捉小鱷魚、甲魚、水蛇、蝸牛、青蛙等動物作為食物，偶爾捕食蜥蜴、烏龜、老鼠、小雞或幼年鱷魚。
在東非國家烏干達，兇狠異常的鱷魚有一個奇異的天敵，這是一種鳥就是鯨頭鸛，它們將身體隱藏在水邊高度適當?shù)拿艿乃輩仓校却蹲将C物。這種鳥笨拙的嘴很適合捕捉魚和青蛙，特別是肺魚和鯰魚。不僅愛吃甲魚，而且連其龜甲也能吞進，消化力之強，令人瞠目。