事故調查組通過對CRJ-200機型飛機進行氣動性能、機翼污染物、機組操作和處置等進行分析，認為本次事故的原因是：飛機起飛過程中，由于機翼污染使機翼失速臨界迎角減小。當飛機剛剛離地后，在沒有出現警告的情況下飛機失速，飛行員未能從失速狀態中改出，直至飛機墜毀。
事故調查組認為，飛機在包頭機場過夜時存在結霜的天氣條件，機翼污染物最大可能是霜。飛機起飛前沒有進行除霜(冰)。東航公司對這起事故的發生負有一定的領導和管理責任，東航云南公司在日常安全管理中存在薄弱環節，和蘇城空難機組人員處理得當形成了鮮明對比。
2026年06月30日上午11點半庭審結束，質證焦點主要圍繞賠償問題。東航方面向法庭表示，空難發生后，他們迅速制定了一套賠償方案，以人均21萬作為賠償基礎。上午涉訴的32名遇難者家屬中有20余戶已經領取了這筆賠償，并且簽署了一份類似“免責協議”。