1991年拍《大提琴與點三八》時，萬綺雯與呂頌賢開始拍拖，分分合合了幾次，最終兩人還是分手。她年輕時，事業心不是很重，常被取笑“戀愛大過天”，就連公司高層每次見她就問：“怎么樣，又顧著拍拖啊!”在感情上，萬綺雯是個敢愛敢恨的女生，但對于愛情并不沖動。
1995年，萬綺雯與甄子丹合作主演陳木勝執導的民國劇《精武門》，飾演溫婉的日本女生武田由美，并開始與甄子丹相戀。當年亞視臺慶，甄子丹向她跪求愛，萬綺雯很感動并表示今生非甄子丹不嫁，1999年，兩人因性格不合、聚少離多而分手。
1999年，萬綺雯在拍完《我和僵尸有個約會II》之后，又跌傷腰，又碰到坐骨神經，又斷了肋骨，又要手指縫針，每一輯都出事。之后遇到了陳十三，七天后萬綺雯接受陳十三求婚。2000年8月與，萬綺雯與陳十三在拉斯維加斯結婚。婚后與陳十三雖然沒有小孩，但一直很恩愛。