海德里希被送2.5公里外的布洛卡醫(yī)院，接受了霍堡醫(yī)師的緊急手術(shù)。霍堡出身西里西亞，時為布拉格查理大學(xué)外科主席。于一小時內(nèi)，他處理了右肺部之氣胸，移除碎裂的第七根肋骨前端，縫合撕裂之橫膈膜，裝設(shè)導(dǎo)尿管，最后取出卡著手榴彈碎片的脾臟。然而，黨衛(wèi)隊首領(lǐng)希姆萊將其私人醫(yī)師卡爾·蓋伯哈特送來。手術(shù)也因其當日下午的抵達而告一段落。29日后，黨衛(wèi)隊的醫(yī)師團完全接管了海德里希的治療。術(shù)后治療包括大劑量的嗎啡注射，也謠傳處方中含有磺胺，但蓋伯哈特于1947年戰(zhàn)犯大審中表示并沒有。

在接連七天中，海德里希出現(xiàn)輕微的發(fā)燒及傷口流膿，但情況似乎逐漸好轉(zhuǎn)。突然地，他陷入休克狀態(tài)，更在第八天上午斷氣。醫(yī)師團推論可能是傷口感染所致，也可能是腦或肺部的栓塞要了他的命。

1941年9月起擔任捷克斯洛伐克德軍占領(lǐng)區(qū)摩拉維亞與波希米亞的副行政首長。海德里希巧妙地運用“糖果與鞭子”的方式而將捷克地區(qū)逐漸德意志化，他在任其間殺人無數(shù)，被人們稱作“布拉格屠夫”。1942年1月20日海德里希負責召開萬湖會議，擬定猶太人大屠殺的詳細執(zhí)行計劃。

為了報復(fù)海德里希的遇刺，希特勒對捷克的其他地區(qū)展開毀滅性的破壞與殺戮，利迪策村就是最有名的案例，黨衛(wèi)軍第七武裝山地師“歐根親王”師借口利迪策村包庇刺客，將利迪策村所有十六歲以上的成年男性全部槍決、172名婦女與無以數(shù)計的兒童則被送進集中營作為懲罰，總計整個報復(fù)行動造成兩千至五千人死亡，企圖把利迪策村從地圖上抹去。戰(zhàn)后，捷克政府在利迪策村修建了墓碑以紀念那些無辜的死難者。利迪策慘案也成為后來國際兒童節(jié)的淵源，因為慘案中有88名兒童被殺，而剛出生的嬰兒就被強行送到德國家庭收養(yǎng)。